フレックスタイム制の適用時に一部休業が生じた場合の休業手当の考え方は？

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フレックスタイム制の適用時に一部休業が生じた場合の休業手当の考え方は？

2024年02月14日
大野事務所コラム

【2026年9月8日更新】

こんにちは、大野事務所の土岐です。

本日は筆者が実際にご相談頂いた事例から、フレックスタイム制の適用時に一部休業が生じた場合の休業手当の考え方について採り上げたいと思います。

休業手当とは

労働基準法第26条では、休業手当について、「使用者は、休業期間中当該労働者に、その平均賃金の100分の60以上の手当を支払わなければならない」とされているのはご存知の通りかと思います。この点、その休業が、労働日の１日全部を指すのか、一部の場合も含まれるのかについて条文上は明らかではありませんが、「使用者の責に帰すべき事由による休業」ということであれば、それが1日の休業であるか一部休業であるかを問わず、同条が適用されるという解釈になります。

一部休業の場合は？

1日の休業の場合には、平均賃金の100分の60を支払えばよいということですが、一部休業の場合にはどう考えるのでしょうか。この点、通達（昭27.8.7基収3445）では、次の通りとされています。

「1日の所定労働時間の一部のみ使用者の責に帰すべき事由による休業がなされた場合にも、その日について平均賃金の100分の60に相当する金額を支払わなければならないから、現実に就労した時間に対して支払われる賃金が平均賃金の100分の60に相当する金額に満たない場合には、その差額を支払わなければならない」

具体例で見てみましょう。

例として、平均賃金が10,000円の場合を考えてみます。

平均賃金が10,000円ですから、1日の休業の場合には、平均賃金の100分の60となる6,000円以上を支払う必要があるということはわかりやすいと思います。

では、一部休業の場合はといいますと、例えば一部労働に対して支払われた賃金が4,000円の場合には、少なくとも6千円との差額の2,000円を支払う必要があることになります。また、一部労働に対する賃金が8,000円であった場合には、平均賃金の100分の60となる6,000円を超えていますので、休業手当の支払いは不要ということになるわけです。

フレックスタイム制が適用されている場合は？

以上の通り、原則の労働時間制や1か月または1年単位の変形労働時間制の場合であっても、「1日」という単位で労働時間を考えますので、1日の休業だけでなく一部休業があった場合についても、上記通達の考え方で整理ができると思います。

では、フレックスタイム制（本コラムでは、清算期間は1か月のフレックスタイム制を適用しているものとします）が適用されている場合にはどうなるのでしょうか。フレックスタイム制の場合は月単位で労働時間を清算することになりますが、「1日」の考え方については原則通りに考えればよいでしょう。

一方、一部休業の場合にはどのように考えたらよいのでしょうか、という疑問が生じます。繰り返しになりますが、フレックスタイム制の場合には月単位で労働時間を清算することになりますので、上記通達にあてはめて考えてよいのかが気になります。この点について他の通達等をあたってみましたが、これについてズバリ示されたものはありませんでした。そこで労働基準監督署（以下、労基署）へ確認してみましたところ、以下の見解を得ました。

フレックスタイム制における一部休業があった場合の休業手当の考え方については、法令および通達上の明確な根拠はなく、解釈の問題となる。

この点、コアタイムがある場合に関しては、労基署内の取扱い・解釈として、次のように示されている。

「当該一部休業があった日のフレキシブルタイムおよびコアタイムにおける実労働時間×時間単価により、当該日の賃金を算出し、休業手当の額（少なくとも平均賃金の100分の60）に達していない場合には、その差額を支給する必要がある（※）」

（※）筆者が労基署へ電話で確認した内容となりますこと、また、上記は労基署内部のみの資料であり、通達やQ&Aのようにインターネット等にて一般公開されているものではないことから、労基署内の資料を正確に書き起こしたものではありません。

以上の取り扱いが示されているとのことですが、「コアタイム」に関する言及がある点が気になりました。そこで、「コアタイムのないフレックスタイム制（いわゆる完全フレックス制、フルフレックス制、スーパーフレックスタイム制等）についても同様の考え方で良いでしょうか」と問い合わせたところ、「当該取扱い・解釈の中ではコアタイムなしの場合についての言及はないが、コアタイムありの場合と同様に考えるのが妥当であろう」ということでした。この点はその他に解釈の余地がないものと思われますので、違和感はないと思います。

結局、フレックスタイム制における一部休業の場合の休業手当はどう考える？

まとめますと、フレックスタイム制を適用していない場合と同様、という結論になります。

休業手当として支払う金額　＝　休業手当（平均賃金の60％）　－　一部労働の賃金（実労働時間×時間単価）

例えば平均賃金が1万円の場合で考えますと、休業手当が6千円、一部労働の賃金が3千円（実労働時間：2時間、時間単価：1,500円）の場合は、休業手当として3千円の支払いが必要ということになります。

一方、一部労働の賃金が6千円（実労働時間：4時間、時間単価：1,500円）の場合には、休業手当の支払いは不要ということになります。

本日も最後までお読みいただきありがとうございました。

＜参考URL＞

■滋賀労働局　　労働基準法第26条で定められた休業手当の計算について

https://jsite.mhlw.go.jp/shiga-roudoukyoku/content/contents/000651773.pdf

■厚生労働省　フレックスタイム制　わかりやすい解説

https://www.mhlw.go.jp/content/001140964.pdf

執筆者：土岐